Op religieuze gronden worden er bezwaren aangevoerd tegen genetische modificatie. De natuur wordt daarbij gezien als een schepping van God of Allah waaraan de mens niet mag 'sleutelen'. Dit bezwaar wordt in het algemeen sterker ervaren als het gaat om het werken met erfelijk materiaal van dieren; tegen genetische modificatie van plantaardig materiaal, zoals landbouwgewassen, bestaan minder sterke religieuze bezwaren.
Daarentegen wordt in religieuze kringen ook gewezen op de voordelen van genetische modificatie: paus Johannes Paulus II meende bijvoorbeeld dat de negatieve gevolgen van GGO's niet aantoonbaar waren, en vond het een misdaad om ze te verbieden als er in landen waar honger heerst, een grote behoefte is aan bepaalde soorten voedsel.
