Coreper II vergadert doorgaans iedere dinsdag in Brussel, en voorafgaand aan de Raadsvergaderingen van Ecofin, Buitenlandse Zaken en Algemene Zaken op woensdag. Vergaderingen worden minimaal vier dagen van tevoren definitief aangekondigd. Tijdens een Coreper-vergadering worden de Raadsagenda's vastgesteld en wordt bekeken over welke voorstellen overeenstemming bestaat.
De agenda is opgedeeld in twee onderdelen. Deel I bevat de punten waarop overeenstemming is bereikt is binnen de raadswerkgroepen (I-punten); ze zijn als hamerstukken op de agenda geplaatst. Deel II bevat dossiers waarover geen overeenstemming bereikt (II-punten). Wanneer een delegatie zich toch niet in een voorstel kan vinden, wordt het op de eerstvolgende vergadering geplaatst voor het tweede deel.
