Deze samenwerking op het gebied van douanetarieven werd in 1968 tot stand gebracht tussen de zes oorspronkelijke lidstaten van de Europese Economische Gemeenschap (EEG). Dat was anderhalf jaar eerder dan in het EEG-Verdrag was bepaald. De douane-unie vormt de grondslag van de gemeenschappelijke markt. Sinds de inwerkingtreding van de douane-unie worden in het goederenverkeer tussen de EU-lidstaten onderling geen invoerrechten meer geheven. Bovendien geldt in de gehele EU een gemeenschappelijk douanetarief (GDT) voor goederen uit derde landen. De inkomsten uit douanerechten maken deel uit van de eigen middelen van de Gemeenschap.
Voor Denemarken, Ierland en het Verenigd Koninkrijk, die in 1973 toetraden tot de EEG, werd de douane-unie na een overgangsperiode per juli 1977 voltooid. Griekenland trad per januari 1981 tot de EEG toe en werd in 1986 in de douane-unie opgenomen. Voor Portugal en Spanje, toegetreden tot de EEG in 1986, gold dit per januari 1996. Voor Finland, Oostenrijk en Zweden betekende de douane-unie geen ingrijpende verandering, omdat deze landen al per januari 1994 deel uitmaakten van de interne markt van de Europese Economische Ruimte (EER). De nieuwe lidstaten die op 1 mei 2004 en 1 januari 2007 zijn toegetreden tot de Europese Unie (twaalf in totaal) horen ook bij de douane-unie.
Bij de inwerkingtreding van de interne markt in 1993 werden alle systematische controles aan de binnengrenzen en de douaneformaliteiten opgeheven. De douanediensten van de lidstaten zijn hierdoor niet meer betrokken bij de invordering van de accijnzen en de BTW, noch bij het verzamelen van statistische gegevens.
Belangrijke uitdagingen voor de toekomst zijn het verbeteren van de samenwerking tussen de nationale overheidsdiensten evenals de strijd tegen fraude. Een van de prioriteiten van het programma Douane 2007 is om de nieuwe lidstaten te blijven helpen bij de aanpassing van hun systemen aan de vrijhandelszone en bij de uitoefening van douanecontroles aan de nieuwe buitengrenzen van de Europese Unie.
